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府幹預，地方豪強紛紛入寄財產給寺院，尋求庇護，寺院納入賬冊後又將這些土地交給他們管理，到九世紀，寺院就已擁有廣大土地，寺院經濟更加強大。
許多小地主和平民百姓為躲避徭役和免除賦稅，把土地交給寺院，自己僅領部分土地作為“封土“。大量的佛經需要招募人員進行抄寫，廟宇的興建需要大量的工匠，這些給平民百姓創造了就業機會。
佛經教義使得百姓心靈得到撫慰，民眾從最初的被動接受，到主動地自發地信奉佛教，民眾的支援和參與使得佛教更廣泛地紮根在日本社會，隨之而來的是日本寺院經濟也更加繁榮昌盛。
進入室町時代和江戶時代後，隨著諸侯割據的戰國時代的到來，佛教也避免不了地多次捲入武裝鬥爭，並且出現各宗派蓄養武士團體進行對抗和打擊不同思想的異己宗派現象，興盛一時的中央集權封建制的佛教開始分裂異化、步入下坡，寺院經濟當然也隨著佛教的沒落而日漸衰落。
德川幕府時期，在德川家族推崇佛教削弱皇權的形勢主導下，形成了皇室和幕府對佛教的分權而治。
全國80%的人口信奉佛教，寺院佔有廣大的土地和大量的人口，特別是不用負擔賦稅，這些與當時的中央政權對土地和稅收的需求的矛盾越來越大，依附於德川家族的高階僧官甚至干預朝政，佛教不再是皇室的助力反而成為一種潛在的威脅。
從桓武天皇將首都遷至平安京並禁止奈良大寺隨同遷移時起，日本皇室開始了對佛教的整頓，不再放權由寺院單獨對僧尼受度，而是要由政府“重給公驗“，政府開始控制僧尼的增長總數。
同時，皇室開始培養天台宗、真言宗作為新興的護國佛教，極大削弱了當時以奈良六宗為首的主流佛教的社會地位，打壓當時一家獨大的佛教。佛教從開始的國家性慢慢向民間性轉化，佛教地位的下降也導致寺院經濟開始出現衰落。
從飛鳥時代至奈良時代直至幕府時期，上層的支援和過度放權，導致佛教上層思想退化，僧侶醉心於當官和營造華麗的寺院，不再修持戒律，至平安末期上層僧官職位完全被貴族壟斷，此時為保護寺院財產還出現了“僧兵“。
這些僧兵多為逃稅而出家的農民、流民，素質低下，佛教喪失了嚴肅性。而此時的眾多僧尼更因生活的富足而飽暖思**，或勾結貴族豪強牟取私利，或打擊平民獲得土地，僧人的亂入和寺院經濟的霸橫極大地擾亂了社會和經濟秩序。
日本寺院經濟甚至演變成一種家族經濟產業，
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