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後續經過阿爾坎塔拉之戰、波爾圖之戰等等戰役，1580年12月，腓力二世遷居到里斯本，將這裡作為西班牙帝國的首都。
1581年3月，加冕為葡萄牙國王。
至此西班牙、葡萄牙合併。
不過，雖然兩國合併，但是對於殖民地方面，卻並沒有合併。
腓力二世合併葡萄牙後，曾允諾葡萄牙的國家機構將受到尊重，同時保持兩個王位各自分開，保持兩個王位的殖民地各自分開。
但實際上，葡萄牙已經失去了獨立性。
目前的階段，雖然西班牙已經和葡萄牙合併，但是覬覦葡萄牙王位的安東尼奧並沒有死心，他流亡到了巴黎，受到凱瑟琳·德·美第奇的熱情歡迎。
西班牙，也還未曾徹底掐滅安東尼奧對葡萄牙王位的覬覦。
殖民地方面，印度、巴西等葡萄牙海外領地已經陸續得到訊息並歸附了西班牙。
只是，因為腓力二世給葡萄牙的承諾：葡萄牙原有屬地可以同西班牙各屬地間進行自由貿易，反之則不適用。
也就是說，葡萄牙可以同西班牙、秘魯和馬尼拉自由通商，而馬尼拉輸往中國的商品必須經過澳門並由葡萄牙人裝運。
根據佐嘉城下的西班牙商會傳來的情報，西班牙的菲律賓總督達斯馬里納斯對這樣的條款非常不滿。
尤其是在葡萄牙悄無聲息地賣了五艘克拉克帆船給織田家，這讓達斯馬里納斯認為這嚴重削弱了伊比利亞聯盟在遠東的實力。
這，就是我可以利用的一點。