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東京，米花町二丁目，阿笠博士家中——
咳咳，BGM響起！
我是高中生偵探工藤新一，當我跟青梅竹馬的同學毛利蘭一起到遊樂園遊玩時，卻目擊了黑暗組織的交易現場。當時我只顧著偷看交易，卻忽略了從背後而來的另一個同夥。我被那個人強灌了毒藥，等我醒來時……
我的身體已經縮小了！要是讓他們知道工藤新一還活著，不但我的性命難保，還會危害到我周遭的親人。在阿笠博士的建議下，我隱瞞了身份。當小蘭問及我的名字時，情急之下，我化名為江戶川柯南。為了蒐集那些傢伙的情報，於是便住進了父親以偵探為業的小蘭中。
但是這位叔叔卻是個糊塗大偵探，看不下去的我於是便裝成叔叔，利用我天生的推理能力解決了許多的懸疑案件。而叔叔也拜我所賜成了名號越來越響的大偵探。而我現在卻變回了一個小學生，還被迫跟同班同學的步美、元太與光彥組成少年偵探團。
半個月前的一個雨夜，阿笠博士家門口突然出現了一個穿著過大不合身衣服昏迷著的國中生少女，就像當初的灰原一樣。
當少女醒來後進行詢問，並聯系在組織潛伏著的水無憐奈進行確認後才得知，這個少女也是APTX4869的受害者。她是義大利軍事安全情報局（SISMI）派到黑衣組織的臥底，在組織中代號為“瑪爾戈（Margaux）”。因為一些原因被組織發現了真實身份，因此被喂下了毒藥APTX4869以除掉。沒想到，沒有死亡反而身體縮小回十年前的樣子這種極小機率的事情在她身上也發生了。
而她之所以會找到阿笠博士這裡，就要牽扯到不久前在水族館發生的庫拉索事件了。
在那件事情之前的一天，瑪爾戈曾與庫拉索剛剛搭檔完成一項任務，而庫拉索在竊取間諜資料的當晚給朗姆傳送簡訊時，選擇接收人的時候不小心一併點上了朗姆下面的那個名字，最近與她聯絡頻繁的瑪爾戈，因此瑪爾戈也收到了那條沒有全部編輯完的簡訊。
第二天，當我們都圍繞著庫拉索對這件事情進行探查的時候，瑪爾戈卻是根據線索尋找庫拉索的手機，最終找到了博士家中，並在暗中發現了博士修好手機後將那條簡訊編輯為“之前注意到的波本和基爾沒有問題”，由此得知了波本和基爾也同為別的機構潛進組織的臥底。並且，隨後她發現了與組織叛逃成員雪莉極為相似的灰原哀，因此心生疑惑。不過這一切，她都並沒有上報給組織。
直
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