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、發展和辨證論治提出了切合實際的辨證綱領和具體的治療措施。
在各科雜病方面，張機從整體觀念出發，根據臟腑經絡學說，運用樸素的表述方法，對疾病的病因、發病和每一種病的理法方藥都有詳略不同的論述，提出了根據臟腑經絡病機和四診八綱進行病與證相結合的辨證方法。他對雜病偏重於個別疾病的研究，有利於深化人們對許多疾病的認識，具有十分明顯的優越性，對後世中醫病因學說和方劑學的發展產生影響。此外並發展了病因病機學說，『千般災難，不越三條：一者，經絡受邪入臟腑，為內所因也；二者，四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通，為外面板所中也；三者，房室、金刃、蟲獸所傷。以此詳之，病由都盡。』將複雜的病因概括為三大類，並闡述了三類不同的病因與雜病發生的關係，這可稱為中醫學中最早的比較明確的病因學說，即後世所謂的三因致病說。關於疾病的發生，張機認為是否發病取決於人體正氣的盛衰，強調了正氣為本、邪氣為標的科學觀點。
張機臨證處方，法度嚴謹，在因證立法，以法統方，隨證加減等方面，積累了豐富的經驗，包含了許多重要的組方原則，因而被後世尊為方劑學的鼻祖，《仲景方》亦被稱為《眾方之祖》。在《傷寒論》中載方一百一十三首，用藥品種八十七種，《金匱要略》中載方二百六十二首，所用藥物達一百一十六種。《仲景方》經過長期臨床實踐驗證，療效顯著，至今仍為國內外醫家廣泛應用，其中有些方劑還照原方製成了成藥，足見對方劑學的貢獻亦甚為深遠。
張機在醫學上重要的貢獻，是他發明了用人工呼吸急救病人，用這種方法搶救了不少危在旦夕的病人，成為世界上最早獨創人工呼吸醫療技術。另外他還發明瞭，用蜜水或豬膽汁灌腸，治療便秘以及藥物外搽、舌下含藥等新的技術，是世界上最早發明灌腸術的醫生，給便泌病人帶來了福音。另外，張機還有《療婦人方》、《五臟論》、《口齒論》等書，顯見其重視醫療經驗和醫術的傳播。
張機是個博學多能的醫生，他既重視疾病的治療方法，又重視對疾病的預防，他受到人們的稱讚和敬佩，不僅因為他精湛的醫術，同時也因為他將病患的痛苦以同理心對待。傳說張機第一次見到文學家王粲時，王粲是個20多歲的青年，他對王粲說：“你已經患病了，應該及早治療，如若不然，到了四十歲，眉毛就會脫落，眉毛脫落後半年，就會死去現在服五石湯，還可挽救。”可是王粲聽了很不高興，自認文雅、高貴，身體又沒什麼不舒服，便不聽他的話
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